農家の消費税は簡易課税と本則どっちが得？2割特例後の選び方を解説

「2割特例が終わったら、消費税の納税はどうなるの？」「簡易課税と本則課税、どっちを選べばいいの？」

インボイス登録をした農家にとって、これは避けて通れない悩みです。とくに個人事業者の2割特例は2026年分が最後。その後どうするかを早めに決めておかないと、納税額で損をしてしまうこともあります。

この記事では、本則課税と簡易課税の違い、農業のみなし仕入率、2割特例・3割特例の関係、そして米農家にとっての選び方の目安を解説。国税庁・税制改正の資料を一次情報まで確認して整理したので、読み終えれば「自分はどの方式が得か」の判断材料がそろいます。

📌 この記事でわかること ・本則課税と簡易課税の違い ・農業のみなし仕入率（食用80%／非食用70%） ・簡易課税を選ぶ条件と届出の注意点 ・2割特例の後にくる「3割特例」と選び方 ・米農家にとってどちらが得かの目安

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本則課税と簡易課税｜何が違う？

消費税の納税額の計算には、大きく「本則課税（一般課税）」と「簡易課税」の2つがあります。違いは、仕入・経費の消費税の扱い方です。

計算方式	納税額の計算方法
本則課税	売上の消費税 −（仕入・経費で実際に払った消費税）
簡易課税	売上の消費税 −（売上の消費税 × みなし仕入率）

本則課税は実額で差し引くので正確ですが、仕入の集計が大変。簡易課税は売上だけで計算できるため、事務負担が軽いのが特徴です。簡易課税か本則かを考える前に、「そもそも自分はインボイス登録が必要か」を押さえておくと判断がスムーズです。状況別の考え方は次の記事で解説しています。

👉 農家のインボイス登録は必要？状況別に完全解説を見る

農業のみなし仕入率は何％？（食用か非食用か）

簡易課税のカギがみなし仕入率。農業は、売るものが食用か非食用かで率が分かれます。

売るもの	事業区分	みなし仕入率
食用の農産物（米・野菜など）	第2種	80%
非食用（花き・飼料用米・種子など）	第3種	70%

つまり食用米が中心の農家なら、みなし仕入率は80%。納税額は売上の消費税の20%で済む計算になります（令和元年10月〜の軽減税率対応で第3種→第2種に引き上げ）。

簡易課税を選ぶ条件と届出の注意点

簡易課税を使うには、次の条件があります。

• 基準期間（2年前）の課税売上高が5,000万円以下であること
• 「消費税簡易課税制度選択届出書」を事前に提出していること（原則、適用したい課税期間の前年末まで）

⚠️ 注意 届出のタイミングがとても重要です。原則は前もって提出が必要で、一度選ぶと2年間は変更できません。なお、2割特例を使っていた人が簡易課税へ移る場合は、その課税期間中の提出でも認められる経過措置があります。迷ったら税理士に確認しましょう。

【本題】2割特例が終わったらどうする？

免税事業者からインボイス登録した人が使えた2割特例（納税額が売上の消費税の2割）は、個人事業者は2026年分（令和8年分）が最後です。その後は次のように移っていきます。

方式・特例	対象・時期	納税額の目安
2割特例	〜2026年分（個人）※登録で課税になった人	売上の消費税の2割
3割特例	2027・2028年分／個人・売上1,000万円以下（法人は対象外）	売上の消費税の3割
簡易課税	売上5,000万円以下＋届出	食用は2割（みなし80%）
本則課税	制限なし	実額（設備投資の年は還付も）

令和8年度の税制改正で、個人向けに「3割特例」が新たに創設されます。ただし法人は対象外で、対象は2027・2028年分の個人事業者（基準期間の課税売上1,000万円以下）です。

2割特例の仕組みや、いつまで使えるかをもう一度確認しておきたい方は、次の記事もあわせてどうぞ。

👉 農家のインボイス2割特例！消費税を抑える方法を見る

米農家はどっちが得？選び方の目安

食用米が中心の農家なら、簡易課税（みなし80%＝実質2割）が有利なケースが多いです。2割特例・3割特例が終わっても、簡易課税なら同じ2割の負担を続けられます。一方で、大型機械やハウスなど、大きな設備投資をする年は本則課税が得な場合もあります。払った消費税が売上の消費税を上回れば、差額が還付されるからです。

💡 ここがポイント ふだんは簡易課税、大きな投資の年だけ本則——という使い分けが理想ですが、簡易課税は2年継続・届出タイミングの縛りがあります。投資の予定がある年は、前もって税理士と方式を相談しておきましょう。

よくある4つの質問（Q&A）

食用米と飼料用米の両方を作っています。みなし仕入率は？

食用米は第2種（80%）、飼料用米など非食用は第3種（70%）です。売上を区分して、それぞれの率で計算します。

2割特例と簡易課税はどちらが得ですか？

食用中心なら、どちらも納税額は売上の消費税の2割でほぼ同じです。2割特例が終わった後も同じ負担を続けたいなら、簡易課税への切り替えが選択肢になります。

法人でも3割特例は使えますか？

いいえ。3割特例は個人事業者限定で、法人は対象外です。法人は簡易課税か本則課税を選びます。

本則と簡易、毎年変えられますか？

簡易課税は一度選ぶと原則2年間は継続が必要です。届出のタイミングも重要なので、変更前に確認しましょう。

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簡易課税か本則か、食用と非食用の区分、特例の判定——農家の消費税は、考えることが多くて複雑です。手計算ではミスや選択ミスが起きがちです。クラウド会計ソフトを使えば、売上・経費を入力するだけで消費税の計算や申告書の作成まで進められ、課税方式の比較もしやすくなります。私も日々の記帳と申告はクラウド会計に任せ、米づくりの時間を確保しています。はじめての方は、まず無料から試せる対応ソフトで整えておくと安心です。

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まとめ：食用中心なら簡易課税が基本、投資年は本則も

2割特例の終了は、消費税の方式を見直す大きなタイミングです。最後に要点を整理します。

🌾 押さえるべき3つのポイント ① 食用農産物は第2種・みなし80%。簡易課税なら納税は売上税額の2割 ② 個人は2026年分まで2割特例→2027・2028は3割特例（法人は対象外） ③ 大きな投資の年は本則で還付も。届出タイミングと2年縛りに注意

自分の経営に合う方式は、売上規模や投資計画で変わります。判断に迷ったら、早めに税理士や税務署に相談しておきましょう。

出典（一次情報）

• 国税庁「No.6505 簡易課税制度」
• 国税庁「No.6509 簡易課税制度の事業区分」
• 国税庁「2割特例の概要」
• 令和8年度税制改正大綱（消費税：2割特例の見直し・3割特例の創設）